赛制沿革

2004年中国联赛赛制改革，中乙联赛预赛阶段分为南北两个赛区, 分别进行主客场双循环比赛。全国总决赛阶段则采用主客场淘汰制，所有比赛不准俱乐部使用外援，每支球队25岁以上的队员不能超过5名。中乙联赛决赛阶段为两个赛区的前四名组成的杯赛。八强赛和半决赛为主客场淘汰赛，决赛和季军争夺赛为一场定胜负的比赛，主场由参赛两队主场抽签产生。具体分组为上半区：A1对B4，A3对B2；下半区：A2对B3，A4对B1。

2007年改变赛制，由原来预赛南北每区前四名球队晋身八强淘汰赛(两回合合计)，改为两支预赛冠军直接进入四强赛；每区第2至4名球队加上大学生足球联赛的冠亚军共八支球队展开主客场淘汰赛决出前两名进入四强赛。决赛(于四强赛两支胜方的球队争夺)，亦设有季军战(由两支于四强赛落败的球队争夺)，而联赛的冠亚军(2007赛季为前三名)获得下赛季季升上中甲联赛的资格。

2010年，由于参加联赛的球队为改制后最少，仅有10队。中乙联赛首次采用四循环赛制，也就是每赛区的两支球队之间预赛要对阵四次，分别打两个主场和两个客场。预赛每区前三名球队晋身的全国总决赛阶段采取赛会制，中国足协又取消了大学生联赛前两名的参赛资格。预赛两个赛区的冠军直接进入四强。北区亚军对阵南区季军，南区亚军对阵北区季军，经双回合对阵来争夺另外两个四强名额。四强赛采用双回合淘汰赛，获胜的前两名球队获得来季升上中甲联赛的资格。

2011年，赛制恢复为2007年之前的赛制。

从2015年起为加强中乙联赛的稳定性和可持续发展，对中乙联赛参赛资格进行限制：除上年参赛球队及中甲降级球队外，其余中乙参赛名额将从上年业余联赛比赛球队中按成绩优先产生，并且取消了一个赛季只能允许注册5名25岁以上球员的规定，并逐步扩军至32队。中乙联赛的规模在2019年达到目标，但由于每年都有多家俱乐部退出职业联赛，中乙联赛的扩军基本上依靠大规模从业余联赛递补球队。

疫情结束之后恢复主客场制。预赛阶段分为南北两个赛区, 分别进行双循环比赛。名次前列队伍进入争冠组，其他队伍进入保级组。组内未对赛过的队伍再进行双循环比赛。

2024年开始，中国足球协会U-21联赛的成绩优秀队伍也获得升级至中乙联赛的资格。赛事规模自上赛季跌至16队之后重新开始扩军。